Der Prozess der Sterilisation im Enbio-Sterilisator ist, ähnlich wie das Autoklavieren (einschließlich der Mediapreparator-Behandlung), ein thermischer Prozess, deswegen unterscheiden sich qualitative Änderungen des Nährbodens nicht von denen bei den herkömmlichen Sterilisationsmethoden. Das Ausmaß dieser Änderungen ist jedoch wegen der mehrfach kürzeren Nährbodenexposition gegenüber erhöhter Temperatur viel geringer. Das reduziert erheblich den Zersetzungsgrad wärmeempfindlicher Bestandteile, darunter auch von Agar, von dem man viel weiniger verwenden kann als bei den herkömmlichen Rezepturen (ca. um 30 % weniger Agar). Infolgedessen müssen einige Rezepturen an das neue Sterilisationsverfahren angepasst werden, was aber nicht arbeitsaufwendig ist.
Wichtig ist es auch, dass das Gerät relativ kleine Abmessungen hat und – im Gegenteil zu den Autoklavanlagen – nur kleine Wärmemengen an die Umgebung emittiert.